Whole genome sequence of Mycobacterium kansasii isolates of the genotype 1 from Brazilian patients with pulmonary disease demonstrates considerable heterogeneity

Mycobacterium kansasii is an opportunistic pathogen and one of the most commonly encountered species in individuals with lung disease. We here report the complete genome sequence of 12 clinical isolates of M. kansasii from patients with pulmonary disease in Brazil.

Estudo de associação entre o(s) polimorfismo(s) de base única no gene que codifica para a N-acetiltransferase de M. tuberculosis e a resistência a Isoniazida / Study of association between o(s) polymorphism(s) of only base in the gene that codifies for the N-acetyltransferase de M. tuberculosis and the resistance the Isoniazida

A isoniazida é uma das principais drogas usadas no tratamento e quimioprofilaxia da tuberculose. Os mecanismos moleculares de resistência à mesma, são complexos e freqüentemente estão associados à presença de mutações nos genes katG, inhA, ahpC e kasA; porém, 25-50% dos isolados clínicos resistentes à isoniazida (INH) não apresentam mutações nestes genes indicando o envolvimento de outros genes e ou fatores. Recentemente, foi identificado em Mycobacterium tuberculosis um gene denominado nat, o qual apresenta um polimorfismo de base única (SNP) na posição 619 (619 G>A) e cujo produto, a N-acetiltransferase (NA T), aparentemente está envolvido na acetilação da isoniazida in vitm. Dados da literatura sugerem a associação da variante mutante 619A com resistência à isoniazida; assim, o objetivo inicial do nosso trabalho foi validar esta associacão, em isolados de M. tuberculosis de pacientes do Brasil, através de genotipagem por PCR-RFLP e seqüenciamento.

Adicionalmente, a utilização do seqüenciamento como estratégia de genotipagem permitiu a identificação de tres novos SNPs no gene nat dos isolados estudados, sendo duas não sinônimas (C20T e A233G), identificadas em isolados resistentes a INH e uma sinônima (T312C) em um isolado sensível a INH. Para a genotipagem do SNP 619, 380 isolados clínicos de pacientes tratados para tuberculose pulmonar de diferentes regiões do Brasil foram utilizados, sendo 198 resistentes e 183 sensíveis a INH. Entre eles, 20 (5,2%) apresentaram a variante mutante 619A, porém, a freqüência desta mutação foi significativamente maior nos isolados resistentes que nos sensíveis (8,6% e 16% respectivamente; p = 0,002, OR = 5,73, IC 1.55 - 25,02). A análise isolada das amostras resistentes estratificadas de acordo com o tipo de resistência (multidroga resistentes e monoresistente a isoniazida) não mostrou diferença significativa com relação à freqüência da variante 619A (p= 0,06). Sessenta e seis por cento dos isolados que apresentaram a variante mutante 619A apresentaram também mutações em outros genes associados com a resistência a INH.

A análise adicional dos isolados de M. tuberculosis por Spoligotyping, demonstrou que a variante mutante 619A não é característica de uma família específica, pois a mesma foi detectada em seis diferentes famílias (família S, LAM, Haarlem, X, T e LAM3/S convergente), além de dois isolados com perfis não definidos. O seqüenciamento do gene nat em todas as micobactérias pertencentes ao Complexo M. tuberculosis mostrou que este gene é conservado entre as cepas do complexo. Adicionalmente, uma outra mutação anteriormente não descrita, G751A, foi observada exclusivamente nos isolados de M. africanum subtipo la provenientes de uma coleção de isolados clínicos e cepas de referência. Com objetivo de melhor classificar isolados provenientes de pacientes com T8 de Gana, submetemos os mesmos a caracterização genética utilizando um conjunto de marcadores recém descritos ou descritos pela primeira vez neste trabalho, inclusive nat751 e RD711390, o ultimo supostamente especifico para M. africanum subtipo I b. Numa análise combinada de isolados de referência e isolados clínicos, confirmamos tanto a especificidade destes novos marcadores quanto a eficiência deste na classificação atual do Complexo Mycobacterium tuberculosis.